Drammensfjorden ble i lengre tid tilført forurensning fra industri, bosetting og annen virksomhet. Utvikling av kommunale kloakkløsninger og renseanlegg, rensetiltak i industrien og oppryddingstiltak på land, har sørget for å redusere eller stanse de fleste kildene til utslipp. Men gammel forurensning har sedimentert (lagt seg) på bunnen i fjorden, og kan fortsatt føre til utslipp.
Helt siden 1200-tallet har det vokst frem bebyggelse på begge sider av elvemunningen i Drammen. Beliggenheten og tilgjengeligheten til tømmerressursene la grunnlaget for treforedlingsindustri og annen industri, og på kort tid ble tømmer byens viktigste næring.
På 1500-tallet var det omfattende tømmerfløting i store deler av Drammensvassdraget, og ved fossene ble det bygd sagbruk. Fra 1700-tallet og frem til i dag har Drammensfjorden vært Norges største inn- og utfartsåre for tømmertransport.
Langs Drammensvassdraget vokste det frem et industrisamfunn utover 1800-tallet med flere papirfabrikker, spinnerier og en stoffabrikk. I dag står fortsatt de gamle teglsteinsbyggene rundt Union Scene og Solberg Spinderi som kulturminner etter datidens industrieventyr.
I takt med utviklingen og industrien vokste også befolkningen i og i nærheten av Drammen, og uten gode løsninger for avløpshåndtering gikk kloakken direkte ut i Drammenselva og Drammensfjorden uten renseløsninger. På 70-tallet var Drammenselva såpass forurenset at elva var brun av kloakk og luktet ubehagelig. Utover 90-tallet ble det etablert renseanlegg og Drammenselva og Drammensfjorden ble sakte, men sikkert renere.
Drammensfjorden er en terskelfjord. Det vil si at Drammensfjorden danner et basseng med en dybde på rundt 125 m på det dypeste, innenfor Svelvikterskelen med en dybde på 13 meter. Denne terskelen bidrar til at forurensninger samles i bassenget og sedimenterer, det vil si synker til bunn. På denne måten blir forurensningen samlet opp over tid på bunnen av fjorden. Med den lange historikken med befolkningsvekst, papir- og tekstilindustri, tømmeraktivitet, båttrafikk og avløp rett i elva har sjøbunnen i Drammensfjorden blitt forurenset.
